구 조세특례제한법(2002. 12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조 신축주택에 대한 양도소득세 감면규정은 IMF 외환위기 이후 침체된 주택건설경기를 활성화하기 위해 도입 및 시행되었다. 해당 특례조항은 현재까지 내용의 큰 변동 없이 시행되고 있는데, 2009년 신축주택 감면 대상기간을 보수적으로 판단한 과세관청의 해석으로 재건축·재개발로 인한 신축주택을 취득한 납세자들에게 불리한 결과가 도출되었다.

2009년 1월20일 과세관청 예규에 따르면(재산세과-227) 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정 적용시 자기가 건설한 신축주택(재건축·재개발을 포함)의 경우 종전 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득(준공 전 양도소득)은 조세특례제한법 제99조의3의 감면소득에 해당하지 않는다고 판시했다. 따라서 신축주택을 취득했을지라도 구주택 보유기간에 발생한 양도소득세를 부과할 수 있는 근거를 마련한 것이다.

이와 함께 과세관청은 2010년 1월1일부터 해당 양도소득세를 과세함과 동시에 부과제척기간 5년을 소급해 2006년 거래분부터 과세했다. 해당 소급과세로 인해 납세자들 입장에서는 부당하게 양도소득세를 납부하게 됨에 따라 과세관청과 납세자간에 많은 다툼이 일어났으나, 과세관청은 법령적용을 명확히 한 것일 뿐 소급과세금지 원칙과는 관계가 없다는 입장을 밝히면서 과세처분을 변경하지 않았다.

과세관청, 구주택에 대해 양도세 소급과세

그러나 최근 대법원 판례에 따르면, 신축주택 취득자의 양도소득세 감면과 관련해 재건축·재개발로 취득한 신축주택을 취득일로부터 5년 이내 양도시 양도소득세를 전액 감면한다는 결론이 도출되면서 납세자에게 유리한 판결이 나왔다.

본 판결의 사실관계를 구체적으로 살펴보면 다음과 같다.

본 판결의 원고는 1999년 10월5일 취득한 구주택이 재건축됨에 따라 2004년 12월 14일에 취득하게 된 신축주택을 2007년 12월 14일에 양도한 후, 이에 대한 양도소득세 1억1176만4770원을 예정신고 및 납부했다.

이후, 원고는 ‘조세특례제한법’ 제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정이 적용되므로 양도소득세 기납부세액에서 농어촌특별세를 공제한 8692만8160원을 전액 환급해 달라는 경정청구를 했다. 

이에 대해 과세관청은 신축주택에 대한 양도소득세 면제규정이 적용되나, 신축주택을 취득한 후 5년 이내의 양도소득에 대해서만 면제되고 구 주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전까지에 대한 양도소득세는 면제되지 않는다고 했다.

또한, 과세관청은 신축주택 취득 후 발생한 감면대상 양도소득세액 계산에 대해 ‘조특법’ 시행령 제40조에 따라 전체 양도소득금액을 취득일로부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우 기준시가 차이와 기존 양도당시 기준시가 차이를 이용해 안분 및 환산하는 방법으로 계산했다.

이에 대해 대법원은 본 사건의 구 조특법 특례조항은 주택의 신축과 분양 및 거래를 장려해 침체된 건설경기와 부동산 시장을 활성화하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 신축주택을 취득해 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하고, 그 후에 양도하는 경우에는 ‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 대해서만 제한적인 과세특례를 부여하려는 규정으로 이해된다고 했다. 따라서 ‘신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도’란 ‘기존 주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다고 판단했다. 

결과적으로 대법원은 재건축·재개발로 인해 취득한 신축주택의 양도소득세 감면에 대한 특례조항을 적용하는데 있어서 구주택 보유기간 중 발생한 양도소득도 감면대상에 포함했고, 감면대상 주택의 보유기간을 해석하는데 있어서 납세자에게 유리한 판결을 내놓았다.

구주택 양도세 과세와 관련한 산식 별도규정 없어

이에 반해 해당 사건에 대한 원심판결인 서울고등법원 2012누8931 판례는 양도소득세 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 양도일까지의 양도소득으로 한정되어 재건축으로 취득한 신축주택의 취득일 이전 양도소득은 면제대상이 되지 아니한다고 했다. 다만, 감면소득금액을 계산함에 있어서 조특법 시행령 제40조의 계산식을 준용한 것은 법적 근거가 없기 때문에 위법하다는 결론으로 대법원 판례와 경정청구거부처분 취소라는 동일한 결과가 도출되었다.

원심판결의 판단법리를 살펴보면, 특례조항상 감면대상 양도소득의 발생 기산일이 신축주택의 취득일로 명시되어 있으므로, 구주택의 보유기간에 따른 양도소득세까지 면제하는 것은 해당 규정을 확장 또는 유추 해석하는 것으로 조세공평의 원칙에 부합하지 않는다고 보았다.

그러나 이에 대해 대법원은 해당 특례조항은 신축주택을 취득일로부터 5년 이내 양도했는지를 기준으로 감면내용을 다르게 규정하고 있을 뿐, 면제대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 특별히 명시하고 있지 않다고 했다. 또한, 재건축·재개발을 통해 취득한 신축주택의 양도를 감면대상으로 정하면서 구주택 보유기간에 따른 양도소득세를 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 채 양도소득세를 전액 감면하는 것으로 규정하고 있는 것으로 해석했다.

재건축 신축주택 취득후 5년이내 양도시 환급 가능

따라서 본 판결을 살펴본 바, 조특법상 특혜규정은 조세법률주의의 원칙상 엄격하게 해석해야 한다는 점은 동의하나, 특혜의 대상이 되는 납세자에게 불리하도록 무조건적으로 축소 해석해 적용하는 것은 관련 예규가 존재하더라도 시정할 수 있는 가능성이 있는 것으로 해석된다. 해당 판결로 인해 향후 실무상 신축주택 취득기간(2001.5.23. ~ 2003.6.30)에 구주택의 소유자가 재개발 및 재건축을 통해 신축주택을 취득, 5년 이내에 양도하는 경우 해당 주택의 보유기간동안 발생한 양도차익을 전액 감면받을 수 있게 되었다. 또한, 이를 근거로 기납부했던 양도소득세를 법정신고기한 다음 날부터 3년 이내에 경정청구할 경우 양도소득세를 전액 환급받을 수 있다.

해당 조항의 도입취지가 주택수요의 촉진 및 건설경기의 활성화임을 고려하면, 법령에서 정한 특정 기간 내에 취득한 신축주택의 양도소득세 감면혜택은 재개발 및 재건축 여부와 관계없이 신축주택 취득일로부터 5년 내에 양도여부를 기준으로 적용되어야 한다는 대법원 판결을 존중하는 바이다. ?

그러나 구주택을 소유한 자는 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 보유기간에 따른 양도소득세를 감면받는 것이므로, 일반분양자 간의 조세형평 측면에서는 다소 불합리한 면이 있다.

이를 해결하기 위해서는 구주택 취득 이후부터 신축주택의 취득 전까지 발생한 양도소득을 합리적으로 산정할 수 있어야 한다. 그러나 현행 세법상 어려움이 있으므로 신축주택의 취득일에 따라 감면여부를 결정하는 것이 아니라 신축주택의 양도여부에 따라 감면혜택을 주는 것이 특혜조항의 취지에 부합하는 것으로 판단된다.

이석봉 세무사는 국립 세무대학을 졸업하고, 연세대 법학석사를 거쳐 강남대 세무학 박사과정에 재학중이다. 오랜 기간 국세청에 근무하면서 세무조사 및 소송, 국제조사, 혁신분야 등을 두루 섭렵했으며, 조사업무 대응 등 다양한 분야에서 노하우를 갖고 있다. 현재 세무법인 호연 대표세무사를 맡고 있다.